કાશીની જ્ઞાનવાપી અને મથુરાની શ્રી કૃષ્ણ જન્મભૂમિ વિવાદ વચ્ચે મેરઠની ઐતિહાસિક શાહી મસ્જિદ પણ વિવાદોના ઘેરામાં છે. જાણીતા ઈતિહાસકાર ડૉ. કે.ડી. શર્માએ શાહી મસ્જિદને એક પ્રાચીન મઠ હોવાનો દાવો કર્યો છે. ઈતિહાસકારના મતે મુહમ્મદ ગઝનીએ બૌદ્ધ મઠને તોડીને શાહી મસ્જિદ બનાવી હતી. ઈતિહાસકાર પાસે આ દાવાના ઐતિહાસિક અને પ્રત્યક્ષ પુરાવા છે.
ઇસ્લામિક કેલેન્ડર મુજબ એક હજાર ચાર વર્ષ પહેલા, 410 હિજરીમાં, ભારતમાં આવેલા મુસ્લિમ આક્રમણખોર મુહમ્મદ ગઝનીએ જૂના મેરઠના સૌથી ઊંચા ઢોળાવ પર બનેલા બૌદ્ધ મઠનો નાશ કર્યો હતો. આ બૌદ્ધ મઠને તોડી પાડ્યા પછી, ત્યાં એક મસ્જિદ બનાવવામાં આવી હતી, જે આજે શાહી મસ્જિદ તરીકે ઓળખાય છે.
પ્રસિદ્ધ ઈતિહાસકાર અને ચૌધરી ચરણ સિંહ યુનિવર્સિટીના ઈતિહાસ વિભાગના વડા ડૉ.કે.ડી. શર્માના જણાવ્યા અનુસાર, મઠને તોડીને શાહી મસ્જિદ બનાવવામાં આવી હતી. 1875માં આવેલા ભૂકંપ બાદ આ મસ્જિદનો કેટલોક ભાગ તૂટી ગયો હતો અને તેમાં ઈન્ડો-બૌદ્ધ અને મૌર્ય પથ્થરની કળાના ઘણા સ્તંભો બહાર આવ્યા હતા.
ઈતિહાસકાર ડૉ. કે.ડી. શર્માને આ સ્તંભો તેમના મિત્ર અસલમ સૈફી પાસે મળ્યા અને તેઓ તેમને તેમના ઘરે લઈ આવ્યા. પાછળથી, જ્યારે તેઓએ ઇતિહાસના તથ્યોની તુલના કરી, ત્યારે તે સ્પષ્ટ થયું કે શાહી મસ્જિદ મુસ્લિમ આક્રમણકારોના વિનાશ પછી બૌદ્ધ મઠને તોડીને બનાવવામાં આવી હતી.
ઈતિહાસકાર ડૉ. કે.ડી. શર્મા કહે છે કે બ્રિટિશ કાળ પહેલા દેશના 90 ટકા મંદિરો અને મઠોને મુસ્લિમ આક્રમણકારોએ નષ્ટ કરી દીધા હતા અને તેના ઉપર તેમના ધાર્મિક સ્થળો બનાવ્યા હતા. બાબરી મસ્જિદનું ઉદાહરણ કોઈનાથી છુપાયેલું નથી. કાશી અને મથુરાના ઉદાહરણો પણ સમાન છે.